尽管国有企业积极推动战略性新兴产业的资本运营，并取得了积极的效果，但整体看来，国有企业对新兴产业的资本仍存在不少问题，如投入不够，资本运营存在盲目性；不少企业重视产权资本运营，轻视产业资本运营；部分国有企业在战略性新兴产业的资本运营方面缺少产业协同的战略思维；政府外部推动作用过大、产权交易主体不规范、立法滞后导致行为不规范等外部环境，也阻碍了国有企业在战略性新兴产业领域的健康发展。而国有企业要获得在新兴产业领域的投资成功，必须先“翻过”这座由投资目的不明、盲目性扩张、渠道单一、偏离主营业务以及合作阻力组成的“五指山”。

　　第一，部分国有企业战略性新兴产业实施资本运营目的不清晰。当前，有部分国有企业资本运营目的是扩大规模，对战略性新兴产业的资源互补性认识不到位，重视程度不高，降低了资本运营效率，不利于经济增长方式的转变和新兴产业的发展。

　　第二，国有企业之间基于战略性新兴产业资本运作的合作阻力较大。国有企业之间在战略性新兴产业发展方面，存在某些互补性和产业协同性。但在实际经营活动中，国有企业之间受到管理机制、思想观念和历史包袱等因素的影响，进行基于市场导向的、主动的业务合作和并购重组等资本运作阻力较大，需要解决的历史问题或需要承担的社会责任较多，不利于国有企业战略性的深度合作和资本运营。

　　第三，国有企业在战略性新兴产业资本运营方面，存在偏离主业的现象。由于战略性新兴产业是新业务，存在一定风险，同时具有发展的机会，部分国有企业为了体现工作业绩，满足股东和股民等偏好，盲目选择一些与主营业务无关或者没有行业积累的产业，容易出现一窝蜂或盲目投资问题。

　　第四，资本市场发育不完善，战略性新兴产业资本运营渠道相对单一。由于投资体制不完善，投资主体不明确，国有企业在战略性新兴产业发展方面缺乏高质量的专业性投资中介，企业多元化的投资格局没有形成，资本市场发育不完善，证券业务不普及，直接融资手续繁杂，制约了战略性新兴产业的资本运营效率和质量，加大了金融风险。

　　第五，国有企业资本流动性相对低，制约了战略性新兴产业的资本运营。多数国有企业主业聚焦于传统的制造类产业和“红海业务”，业务盈利性差，资本流动性低，企业资本结构不合理，很难有多余资金开展战略性新兴产业的资本运营，不利于国有企业产业升级和战略转型。